Příběh Red Alert 3 začíná zoufalým pokusem vedoucích představitelů hroutícího se Sovětského svazu změnit dějiny a obnovit slávu sovětského impéria výpravou do minulosti. Cesta zpět v čase však skončí fiaskem, což vyústí ve vznik alternativní časové linie. V ní se vývoj technologií ubírá zcela jiným směrem, světu dominuje nová supermocnost a zuří III. světová válka. Na východě povstalo nové Impérium vycházejícího slunce a tento konflikt se změnil v trojstranný zápas mezi Sověty, Spojenci a Impériem. Jejich armády využívají v poli nové a neobvyklé zbraně a technologie, jako Teslovy spirály, mohutně vyzbrojené válečné balóny, teleportaci, obrněné medvědy, inteligentní delfíny, plovoucí ostrovní pevnosti a transformovací tanky.